Dans l'Histoire, cette ville a toujours eu une importante renommée, tour à tour ville romaine, capitale d'un royaume arabe, premier siège de l'Ordre de Saint-Jacques. Avec son port le plus au nord du fleuve Guadiana, grande voie vers le sud, les lourds minerais de la région purent être menés jusqu'à la mer C'est pour cette raison que Mértola conserve en provenance des Romains, des Suèves, des Arabes et des Portugais qui la reconquirent en 1268, de précieux trésors présentés dans plusieurs centres muséologiques de la ville.
